L’origine della comunità di Porto S. Stefano è strettamente legata al lento e progressivo formarsi del paese intorno al 1720, quando i Reali Presidi di Spagna, cui apparteneva l’Argentario, erano governati dai Vicerè austriaci. Nel 1728 le 41 famiglie costituenti il nucleo abitativo di allora, circa 200 persone, chiesero ed ottennero di costituirsi in comunità parrocchiale, che fu eretta due anni dopo nel 1730: si impegnarono a contribuire al mantenimento del parroco e a costruire, a loro spese, una nuova chiesa in sostituzione della piccola e fatiscente cappella usata dai militari della Fortezza spagnola. Nel 1741 iniziarono i lavori che terminarono con la solenne apertura al culto il 30/11/1750; nel 1763 la Chiesa parrocchiale fu elevata alla dignità di Arcipretura. Durante la Seconda Guerra Mondiale la Chiesa di Santo Stefano aveva resistito a lungo alla violenza delle bombe, anche se i bombardamenti, che avevano distrutto il paese, ne avevano causato gravi lesioni, pur restando in piedi le solide pareti. Il 7 Giugno 1944 i tedeschi, nel ritirarsi per l’avanzata degli Alleati, fecero saltare con mine e potenti cariche di tritolo la Chiesa, determinandone la completa rovina. Solo il campanile rimase intatto, senza lesioni gravi; infatti è rimasto a fianco della nuova Chiesa e innalzato di qualche metro, poiché sarebbe stato nascosto dal nuovo edificio sacro, più elevato di quello distrutto. Quest’ultimo aveva la facciata principale rivolta a sud, cioè sul piazzale che immette in via della Chiesa; perciò l’altare maggiore e l’abside erano rivolti a nord, sulla via XX Settembre. Riedificata con stile diverso da quello precedente su disegno degli architetti Paniconi, Pediconi e Rossi de Paoli, l' edificio imponente e semplice, con prospetto rivolto al mare, mostra motivi cuspidali ed elementi architettonici aleggianti lo stile spagnolesco. L'interno costituito da un'unica grande navata, copre la superficie di 600 mq. e presenta il soffitto a volta, con curvatura leggermente ribassata.  fu riconsacrata il 25 Dicembre 1950.
Negli anni successivi furono realizzate diverse opere a completamento della chiesa: nel 1955 la statua in terracotta di S. Stefano Protomartire opera dello scultore Emilio Greco; la Ditta Castaman di Venezia realizzò vari mosaici: nel 1957-1958 le due cappelle laterali del S. Cuore e della Madonna Immacolata , nel 1965 le stazioni della Via Crucis e l’abside. Nel 1962 viene acquistato  un organo di 900 canne dalla Ditta Mascioni; nel 1972 rifatta completamente la pavimentazione e nel 1980 fu consacrato il nuovo altare e ridisegnata l’aula presbiterale. Nel 1981 la chiesa è stata dotata di 15 vetrate istoriate, realizzate dalla Ditta Diana di Siena: sono rappresentati i Patroni dei mestieri ed i gruppi ecclesiali che operano in Porto S. Stefano e i Santi che hanno un legame con l'Argentario e la Toscana. Per il primo ciclo le immagini di S. Stefano, Sant'Andrea, S.Giuseppe, S. Anna. S. Barbara. S. Vincenzo de’ Paoli, S. Francesco d'Assisi. Per il secondo le immagini della Beata Caterina Sordini, S.Paolo della Croce, S.Bernardino e S. Caterina da Siena. Elementi caratteristici sono i grandi lampadari pendenti dal soffitto e disposti in prossimità dei muri perimetrali. Nell' alto campanile coperto a cupoletta, unico elemento architettonico superstite della chiesa precedente, sono installate tre grosse campane, fuse tra la metà del secolo XVIII e quella del secolo XIX. Il fonte battesimale e le due acquasantiere sono state ricavate dal granito dell'Isola del Giglio. Dall’anno 2000 si è proceduto ad una serie d’interventi di restauro sia degli interni che degli esterni, con l’adeguamento degli impianti audio e d’illuminazione, è stata modificata la scalinata di accesso con l’abbattimento di barriere architettoniche. Nel 2004 è stata apposta, sopra la rinnovata bussola d’ingresso, una vetrata raffigurante San Giacomo apostolo nella veste di pellegrino e la Vergine con il Bambino. Nel 2006 è stata ridisegnata l’area presbiterale, e creato un coro ligneo dietro la sede del celebrante a ridosso dell’organo a canne, realizzato un nuovo e imponente  ambone in marmo. E’ stato spostato il tabernacolo nel pilastro di destra e collocato, al centro dell’abside, un crocifisso ligneo in stile gotico. La statua del patrono opera di Emilio Greco ha trovato la sua collocazione in un’apposita cappella. Si è inoltre proceduto al restauro della statua della Madonna Immacolata e del Cristo Risorto e realizzata una nuova in legno di cirmolo della Beata Maria Maddalena dell’Incarnazione, nata a Porto S. Stefano il 16 aprile 1770, fondatrice dell’Ordine delle Adoratrici Perpetue del Santissimo Sacramento, beatificata a Roma il 3 maggio 2008.

Il 5 maggio 1999, nella zona del Pozzarello, in un terreno donato da una famiglia santostefanese, veniva posta la prima pietra di un nuovo complesso religioso, chiesa canonica e locali di ministero pastorale, intitolato alla Santissima Trinità, destinato al servizio di un quartiere del paese sempre più popolato e interessato ad un notevole incremento turistico, soprattutto durante l’estate.

Il 22 giugno 2002 la Chiesa, edificata grazie all’intervento finanziario della Conferenza Episcopale Italiana è stata dedicata con rito solenne alla Santissima Trinità dal Vescovo Mons. Mario Meini. Adiacente alla Chiesa ci sono i locali di servizio liturgico: la sacrestia, la cappella delle confessioni, l’ufficio parrocchiale e la sala sottostante per le varie attività pastorali e ricreative (conferenze, dibattiti, mostre, proiezioni, ecc.) e alcuni locali di servizio. Completano la struttura la casa canonica e tre grandi aule per attività catechistiche e formative. Il vasto spazio esterno è utilizzato come parcheggio a servizio delle funzioni religiose e per attività ricreative parrocchiali.

La chiesa, progettata dall’Arch. Carlo Boccianti e costruita dall’Impresa Fratelli Rosi,   racchiude uno splendido mosaico absidale realizzato da P.Marko I. Rupnik S.J. e dall’ équipe del Centro Aletti di Roma raffigurante il mistero della Trinità divina che introduce il fedele al cuore della fede e della liturgia cristiana: Cristo Risorto divenuto il tempio vero e perfetto della Nuova Alleanza. L’aula liturgica è ad un’unica navata, a forma di conchiglia, per meglio esprimere e favorire la comunione dell’assemblea, la centralità della celebrazione eucaristica; lo spazio architettonico mette in risalto le grandi presenze simboliche permanenti come l’altare, l’ambone, la custodia eucaristica, la sede del celebrante. L’abbraccio con il quale si è avvolti entrando è intenso: la chiesa, volta verso oriente come nell’antica tradizione cristiana, è pensata in modo aperto: la semplicità delle linee, la purezza delle superfici, lo slancio della parete presbiterale e la stessa parete d’ingresso praticamente tutta fatta di vetro danno allo spazio una leggerezza dinamica, un’aria viva, fresca e accogliente. Tutti questi elementi insieme hanno preparato uno scenario ideale per una iconografia della Economia divina che la Santissima Trinità ha compiuto e continua a realizzare nella storia delle donne e degli uomini: perciò si è rivestito la parete del presbiterio con un tessuto musivo dinamico, di una materia luminosa e viva nella quale vengono intessute le poche figure che aiutano a dischiudere ai fedeli il mistero dell’amore del Dio Trino per l’umanità. In alto la mano teofanica di Dio Padre, con la quale già l’antica tradizione cristiana indicava il mistero del Padre. Noi conosciamo il Padre solo attraverso la sua azione, cioè la creazione e la redenzione. Il Padre è assiso nel mistero impenetrabile, nella luce inaccessibile. Solo il Figlio che è disceso da Lui lo conosce e lo Spirito Santo che scruta le sue profondità ed è spirato da Lui. La sorgente di tutto ciò che esiste, della verità, della santità e dell’amore è Dio Padre. Sulla stessa linea, più in basso c’è la colomba che discende per simboleggiare la venuta dello Spirito Santo. La colomba indica l’aleggiare dello Spirito sopra le acque all’ora della creazione, è presente all’ora del battesimo di Cristo e ricorda la Pentecoste, piena manifestazione dello Spirito Santo.
La colomba discende in mezzo a fiamme rosse, bianche e oro. Questo vento dello Spirito penetra tutto, vivifica tutto e muove il creato verso “cieli nuovi e terra nuova”. Ma l’azione più straordinaria dello Spirito Santo riguarda la Pasqua del Signore.
Per questo la scena centrale è la Risurrezione di Cristo secondo l’interpretazione figurativa dell’inno di Sant’Efrem il Siro. Cristo scende nello Sheol e tira i nostri progenitori Adamo ed Eva fuori dalle tombe per riportarli al Padre.
Il mosaico non rappresenta Cristo nell’atto di uscire dalla tomba, ma in quello di sprofondarla. Cristo non esce dalla tomba come uno che si è liberato dalla morte e scappa via. Il Signore infatti non ha vinto la morte per se stesso, come un superuomo: la grandezza della risurrezione di Cristo consiste nel fatto che Egli entra nell’impero del principe delle tenebre che tiene in schiavitù Adamo ed Eva, cioè tutta l’umanità. Cristo scende, vivo, nelle viscere della terra e nell’impero della morte. Il regno della morte è finito perché ha accolto un vivo. Scende la luce vera, il sole della giustizia che illumina “quelli che stanno nelle tenebre e nell’ombra della morte”(Lc 1,79). Cristo arriva nel suo splendore, egli è la luce venuta per illuminare il legame d’amore che Dio sempre mantiene con tutti coloro che ha chiamato alla vita e sprofonda negli abissi della terra, la terra è scossa e si squarcia affinché essa possa ritrovare la sua verità e servire ad Adamo, non per nasconderlo davanti a Dio, ma per restituirlo a Dio. Tutto il creato, tutta la materia è avvolta e trasformata dalla luce del Risorto. Egli tende le mani ad Adamo ed Eva. Cristo, seconda Persona della Trinità, si è fatto uomo affinché da uomo mortale potesse scoprire il nascondiglio dell’umanità chiusa in se stessa, incapace dell’amore, dunque della vita eterna, giacché solo l’amore è eterno. Egli ha cercato di dire all’uomo che Dio è Padre e che l’uomo può ritirarsi dalle terre deserte e aride per tornare alla sua casa, dove il Padre lo sta aspettando. Il Risorto prende Adamo per il polso –il luogo dove si misura la vita- e lo riporta all’esistenza; si lascia accarezzare da Eva -la madre dei viventi- e ristabilisce con l’umanità intera l’amicizia delle origini. Così comincia il ritorno al Padre. Cristo riprende Adamo ed Eva per riportarli alla dignità di figli di Dio. Perciò tutta l’umanità redenta con Cristo e in Cristo tornerà nel cuore della Trinità, dov’è il vero posto dell’uomo. Tutta la parete absidale è dominata dall’energia vitale dello Spirito espressa dal dinamismo delle linee e dalla varietà e intensità dei colori. E’ lo Spirito Santo che dischiude il senso del sacrificio d’amore: il compimento del sacrificio è la Risurrezione. Tutto ciò che è penetrato d’amore non muore più perché l’amore del Padre dura in eterno.
Questo mistero d’amore si compie qui nel simbolo eucaristico del pellicano che ferisce se stesso per nutrire i suoi e che, sulla stessa linea, come ultima scena vicina a noi, si trova sull’altare.Proprio intorno all’altare appare tutta la tensione della salvezza che ha operato la Santissima Trinità. E l’altare significa anche la Chiesa viva, la comunità concreta che celebra Cristo – che lo Spirito Santo rende per noi Signore e Salvatore- che ci presenta al Padre – che lo Spirito Santo rende nostro Padre.La sede presidenziale insieme all’ambone della Parola sottolineano ancora di più ed evidenziano il senso della Chiesa e della liturgia come processo della divinizzazione dei fedeli, perché raggiunti e coinvolti nell’amore trinitario.

A sinistra il tabernacolo con accanto la Vergine Madre in atteggiamento di “deisis”, cioè di colei che indica Cristo, in atteggiamento di preghiera con le mani protese verso Colui che, solo, distribuisce le grazie.Il volto della Vergine, il rosso del suo vestito e del mantello richiamano Eva: è lei Maria, la nuova Eva, la Madre di tutti i credenti immagine perfetta dell’orante e della Chiesa stessa che si relaziona a Cristo, che svela pienamente la dignità dell’uomo come un essere orientato, rivolto a Dio. Chi prega rivela questa verità. La Vergine è posta all’altezza del nostro sguardo, i nostri occhi si posano sopra i suoi,  “umile e alta più che creatura”, dono di Dio affinché ciascuno affidi a Lei le grazie di cui ha bisogno.
Tutto l’insieme è un invito a guardare in alto, a contemplare le profondità del mistero trinitario come mistero d’amore e di comunione: questo tempio consacrato al Padre, al Figlio, allo Spirito Santo sia per tutti il segno del santuario che ci attende, sia uno sguardo sul nostro futuro: “Trasfigurati davanti a Dio, mostriamoci a tutti uomini nuovi, donne nuove, capaci di amare e infondere speranza, di stringere anche noi le mani dei fratelli, per sollevarle insieme verso la Trinità Santissima, per dire il nostro grazie, protesi verso la gioia senza fine” (dall’omelia del Vescovo nel giorno della consacrazione).

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