Durante la Seconda Guerra Mondiale la Chiesa di Santo Stefano aveva resistito a lungo alla violenza delle bombe, anche se i bombardamenti (terribile fu quello dell’8 dicembre 1943) che avevano distrutto il paese, ne avevano causato gravi lesioni, pur restando in piedi le solide pareti.
Il 7 Giugno 1944 i tedeschi, nel ritirarsi per l’avanzata degli Alleati, fecero saltare con mine e potenti cariche di tritolo la Chiesa, determinandone la completa rovina. Solo il campanile rimase intatto, senza lesioni gravi; infatti è rimasto a fianco della nuova Chiesa e innalzato di qualche metro, poiché sarebbe stato nascosto dal nuovo edificio sacro, più elevato di quello distrutto. Quest’ultimo aveva la facciata principale rivolta a sud, cioè sul piazzale che immette in via della Chiesa; perciò l’altare maggiore e l’abside erano rivolti a nord, sulla via XX Settembre. Riedificata con stile diverso da quello precedente – la posa della prima pietra avvenne il 4 luglio 1948 – su disegno degli architetti Mario Paniconi, Giulio Pediconi e Paolo Rossi De Paoli, gli stessi architetti che agli inizi degli anni ’60 progettarono la Chiesa di San Gregorio VII in Roma, per alcuni aspetti architettonici molto simile a quella di Porto S. Stefano.
Il progetto, approvato dalla Pontificia Commissione Centrale per l’Arte Sacra e dal Consiglio dei LL. PP., fu realizzato dall’Ente Ricostruzioni Edifici Ecclesiastici che affidò l’opera di costruzione all’ing. Ernesto Ganelli (1901-1985), fiduciario del vescovo di Grosseto mons. Galeazzi. L’edificio imponente e semplice, con prospetto rivolto al mare, mostra motivi cuspidali ed elementi architettonici aleggianti lo stile spagnolesco. L’interno costituito da un’unica grande navata, copre la superficie di 600 mq. e presenta il soffitto a volta, con curvatura leggermente ribassata. Fu riconsacrata il 23 Dicembre 1950 e nell’occasione fu ordinato sacerdote da Mons. Paolo Galeazzi il giovane seminarista di Boccheggiano Franco Cencioni. Ad assistere alla cerimonia il giovane prete santostefanese don Pietro Fanciulli che, ordinato sacerdote il 29 giugno del 1945 nella cattedrale di Grosseto, aveva celebrato la sua Prima Messa nella cappella delle suore dell’Immacolata, essendo distrutta la chiesa parrocchiale. Insieme al giovane don Pietro, l’ormai anziano arciprete Mons. Giacomo Magnani. Nato all’isola del Giglio il 2 aprile 1873, aveva studiato nel Seminario di Acquapendente, il 15 settembre 1901 divenne arciprete della Parrocchia di Porto S. Stefano alla cui guida rimase per cinquant’anni, curando non solo l’aspetto religioso, ma anche quello sociale della comunità. Puntò molto sulla predicazione, svolta in prima persona, favorì il culto e la devozione al Sacro Cuore di Gesù s’impegnò per portare a nuovo fervore cristiano le associazioni cattoliche già esistenti nel paese. Il 29 aprile 1919 papa Benedetto XV lo nominò suo Cameriere Segreto con il titolo di Monsignore. Nel 1923 fondò l’Asilo Charitasaffidandone la direzione alle Suore dell’Immacolata di Genova. Grazie alla sua iniziativa e alle offerte elargite dai santostefanesi, la chiesa parrocchiale fu oggetto di continue migliorie e interventi di restauro. Le sofferenze e le umiliazioni subite durante il ventennio fascista lasciarono nell’animo di mons. Magnani una ferita profonda dalla quale seppe guarire solo con la fede in Dio e con la forza della grazia divina. Papa Pio XI volle ricompensare il suo coraggio di vero buon pastore pronto a dare la vita per le sue pecorelle, conferendogli l’alta onorificenza di Suo Prelato Domestico, mentre il vescovo di Grosseto Paolo Galeazzi lo nominò Canonico Onorario della Cattedrale del capoluogo maremmano. Ammalatosi gravemente durante i terribili anni della II Guerra Mondiale, morì il 15 maggio 1952.
